Автоматизированный контроль выдачи ЭСФ представляет собой процесс, в рамках которого в информационной системе налогового органа автоматически присваивается уникальный номер каждому ЭСФ. Этот номер служит для идентификации и верификации документов, что значительно облегчает дальнейший контроль и учет налоговых операций.

Для реализации автоматизированного контроля будут определены:
1) регламент и сроки проведения автоматизированного контроля;
2) группы налогоплательщиков, к которым применяется автоматизированный контроль;
3) организация, осуществляющая данный контроль.
В информационной системе налогового органа будет вестись автоматизированный учёт НДС:
1) указанного в ЭСФ, которые выписывает налогоплательщик;
2) указанного в ЭСФ, выписанных его поставщиками;
3) уплаченного при импорте;
4) уплаченного за услуги и работы от нерезидента;
5) относимого в зачет по товарам, созданным или приобретенным налогоплательщиком до его регистрации по НДС;
6) начисленного при снятии с учёта по НДС на остатки товаров.
Важно учитывать, что автоматизация процессов позволяет снизить вероятность ошибок при учёте НДС и минимизировать риски налоговых правонарушений.

В процессе автоматизированного учёта НДС в системе налогового органа каждому ЭСФ будет присваиваться уникальный номер. ЭСФ, которому не был присвоен уникальный номер, считается невыданным.
Это нововведение будет способствовать повышению прозрачности в налоговых отношениях и улучшению обмена информацией между налогоплательщиками и налоговыми органами.

Сопоставительный контроль выставления ЭСФ представляет собой процедуру, выполняемую налоговым органом на основе сопоставления электронных счетов-фактур, выставленных налогоплательщиком, с данными:
1) ЭСФ, выпущенными его поставщиками;
2) налоговой отчетности;
3) информацией из других уполномоченных государственных органов о деятельности налогоплательщика, включая объекты налогообложения;
4) сведениями из банков второго уровня касательно счёт;
5) данными, полученными из различных источников о деятельности налогоплательщика.
Данная мера направлена на недопущение уклонения от уплаты налогов и обеспечивает равные условия для всех участников рынка.

Сопоставительный контроль нужен для того, чтобы подтвердить фактические обороты по реализации товаров и услуг.
Эта практика также помогает в выявлении схем уклонения от налогообложения и других нарушений.

Такой контроль в отношении электронных счетов-фактур осуществляется только на ЭСФ, выписанных в течение срока исковой давности.
Если в ходе данного контроля будут выявлены нарушения, налогоплательщик получит уведомление о подтверждении фактического оборота по реализации товаров и услуг.

Если налогоплательщик:
1) согласен с перечисленными в уведомлении нарушениями, он должен отозвать ЭСФ;
2) не согласен с выявленными нарушениями, он должен предоставить разъяснения с доказательствами, подтверждающими обстоятельства по операциям (сделкам) и происхождению товаров, а также фактическому выполнению работ или предоставлению услуг, упомянутых в уведомлении.
К данному этапу важно подходить серьезно, так как осознанное игнорирование или недостаток доказательств могут привести к серьезным последствиям для бизнеса.

Разъяснения должны быть оформлены в свободной форме и содержать:
1) идентификационные данные налогоплательщика и налогового органа, выдавшего уведомление;
2) номер и дату уведомления;
3) обстоятельства, по которым налогоплательщик не согласен с указанными нарушениями.

Также налогоплательщик может приложить копии документов, подтверждающих его доводы.
При выполнении уведомления через предоставление разъяснений, требования предоставить документы, не имеющие отношения к упомянутым нарушениям, не принимаются.
Уведомление будет считаться неисполненным, если представленные разъяснения не подтверждают происхождение товаров и фактическое выполнение работ или услуг, указанных в уведомлении.
Налоговый орган обязан в течение 10 рабочих дней с момента получения разъяснений вынести решение о признании уведомления неисполненным.
Решение о неисполнении уведомления доводится до налогоплательщика в течение 2 рабочих дней после его принятия.

Налоговый орган в течение одного рабочего дня после принятия решения приостанавливает выдачу ЭСФ.
Это служит дополнительным стимулом для налогоплательщиков соблюдать правила и предоставлять полную документацию.

Если налогоплательщик не исполнил уведомление, налоговый орган в течение одного рабочего дня после истечения срока выполнения такого уведомления приостанавливает:
1) расходные операции по банковским счетам налогоплательщика;
2) выдачу электронных счетов-фактур.

Информация о налогоплательщиках, действия которых по выдаче ЭСФ были приостановлены, будет размещена на сайте КГД МФ РК в течение одного рабочего дня с момента принятия решения о приостановке.
Это обеспечивает открытость и доступность информации для всех заинтересованных сторон.

Налоговый орган также отправляет уведомление контрагентам налогоплательщика об взаиморасчетах, указанных в уведомлении, если уведомление о неисполнении было выдано или если само уведомление не было исполнено.
Таким образом, создается дополнительная мера контроля и прозрачности для всех участников бизнеса.