В ИС ЭСФ предусмотрен выбор ставок НДС (28%, 20%, 16%, 15%, 14%, 13%, 12%, 0%, «Без НДС»), следовательно, при выписке электронного счета-фактуры плательщик НДС имеет возможность самостоятельно выбрать ставку НДС. При этом у налогоплательщика, не состоящего на регистрационном учете по НДС, отсутствует возможность выбора ставки НДС.